Аудит по налогам проводится в порядке, предусмотренном приказом МФ РК от 30.03.2015 г. № 293 «Об утверждении Правил проведения аудита по налогам и предоставления аудиторского заключения по налогам».
Аудит по налогам осуществляется по инициативе аудируемого субъекта на основе договора о проведении аудита по налогам, заключенного между аудиторской организацией и аудируемым субъектом, в котором предусматриваются: предмет договора, сроки, размер и условия оплаты, права, обязанности и ответственность сторон, конфиденциальность полученной информации, а также членство в профессиональной организации.
⠀ Аудиторское заключение составляется в трех экземплярах по форме, установленной  приказом МФ РК от 30.03.2015г. № 293.
⠀ Один экземпляр аудиторского заключения, в течение трех рабочих дней со дня его составления, аудиторская организация вручает аудируемому субъекту.
⠀ Второй экземпляр аудиторского заключения остается у аудиторской организации.
⠀ Третий экземпляр аудиторского заключения направляется в орган государственных доходов по месту нахождения аудируемого субъекта в течение пяти рабочих дней со дня вручения аудируемому субъекту такого заключения.